Eine eindeutige Abgrenzung ist jedoch oft nicht unproblematisch. Über die steuerliche Behandlung eines individuellen Papiers sollten vorher Informationen eingeholt werden.
Erträge die aus der Einlösung oder dem Verkauf von Finanzinnovationen generiert werden sind stets in vollem Umfang steuerpflichtig, auch wenn der Ertrag nach Ablauf der Spekulationsfrist realisiert wurde. Realisierte Wertsteigerungen aus Zertifikaten die nicht als Finanzinnovationen eingestuft werden sind nur innerhalb der Spekulationsfrist, dann aber in vollem Umfang ohne Berücksichtigung des Halbeinkünfteverfahrens, zu versteuern. Die Besteuerung erfolgt in beiden Fällen zum persönlichen Steuersatz.
Ab 2009 im Wege der Abgeltungssteuer auf Zertifikate ist die Unterscheidung der Zertifikate steuerlich nicht mehr relevant, da die Spekulationsfrist wegfällt. Jedoch wird der persönliche Steuersatz dann durch den Abgeltungssteuersatz i. H. v. 25 % (zzgl. Solidaritätszuschlag und ggf. Kirchensteuer) ersetzt.
Eine Veranlagung zum persönlichen Steuersatz erfolgt nur, wenn dieser geringer ist als der genannte Abgeltungssteuersatz. Somit erhöht sich die Attraktivität von Finanzinnovationen ab dem Jahr 2009 insbesondere für Kunden deren persönlicher Steuersatz über den 25 % liegt, da die Benachteiligung gegenüber anderen Zertifikatstypen egalisiert wird.
Im Zuge der Einführung der Abgeltungssteuer beim Zertifikat sind jedoch Übergangsregelungen zu beachten. So sind Erträge aus Zertifikaten, die nicht als Finanzinnovationen gelten nach Ablauf der Spekulationsfrist nur insofern steuerfrei, wenn sie vor dem 14. März 2007 angeschafft wurden.
Entsprechende Papiere die nach diesem Stichtag angeschafft werden müssen vor dem 1. Juli 2009, unter Wahrung der Spekulationsfrist, veräußert werden, um in den Genuss der Steuerfreiheit zu kommen. Die Abgeltungssteuer auf Zertifikate bedarf aus diesen Gründen einer expliziten Erörterung.